La organización territorial de Lima fue la siguiente: al norte, el señorío de Huaura, (valles de Barranca y Chancay); al sur, el señorío de Chuquimanco (valles de Mala, Omas, Chilca y Cañete, el antiguo Huarco); al noreste, el señorío de los Atavillos (sierras de Cajatambo hasta las de Canta); al sureste, el señorío de las siete guarangas de Huarochirí (serranías de Cañete hasta Canta); y al centro, la comarca de Lima (desde el actual distrito de San Bartolo hasta Ancón), gobernada por el señorío de Ichma (valles de Lurín y Rímac), cuyo centro era Pachacamac, y el señorío de Colli (valle del Chillón),cuyo centro fue la fortaleza de Collique en Comas.
La población limeña jugó un papel ambiguo en el proceso de independencia del Perú (1821-1824); la ciudad sufrió los desmanes de las fuerzas realistas y patriotas por igual. Tras la emancipación, Lima pasó a ser la capital de la República del Perú. Gozó de un corto periodo de prosperidad a mediados del siglo XIX, hasta su ocupación y saqueo a manos de tropas chilenas durante la Guerra del Pacífico (1879-1883).
Después de la guerra, se inició un período de expansión demográfica y renovación urbana. La población creció aceleradamente a partir de la década de 1940 como consecuencia de una fuerte inmigración desde las regiones andinas del Perú. Esto llevó a la proliferación de barrios periféricos conocidos como «pueblos jóvenes» pues la expansión de los servicios básicos quedó muy rezagada frente al crecimiento demográfico.