La primera versión del Palacio de Gobierno la mandó a construir Francisco Pizarro en 1536 sobre territorios que estaban bajo el cuidado del curacaTaulichusco, servidor de Mama Vilo (esposa secundaria de Huayna Cápac).
Durante el Virreinato, fue llamado Palacio del Virrey o Palacio Virreinal, ya que fue la residencia de los virreyes del Perú. Tras el incendio del 3 de julio de 1921, fue restaurado por el presidente Leguía para las celebraciones por el Centenario de la República.
El actual edificio data de 1938 y fue construido durante el segundo gobierno de Oscar R. Benavides.