El amor en los tiempos del cólera es una novela que narra la historia de amor entre Florentino Ariza y Fermina Daza, que se extiende a lo largo de más de cincuenta años en el Caribe colombiano. La novela comienza con la muerte de Juvenal Urbino, el esposo de Fermina, un médico prestigioso que se dedicó a combatir el cólera. En el funeral, Florentino Ariza, un viejo poeta y empleado de la Compañía Fluvial del Caribe, le declara a Fermina su amor eterno y le propone casarse con él. Fermina lo rechaza indignada y lo expulsa de su casa.
La novela retrocede entonces al pasado, cuando Florentino y Fermina se conocieron siendo adolescentes. Florentino se enamoró perdidamente de Fermina al verla por primera vez en la casa de su padre, Lorenzo Daza, un comerciante ambicioso que quería casar a su hija con un hombre rico y distinguido. Florentino le escribió cartas apasionadas a Fermina durante varios años, hasta que ella aceptó ser su novia. Sin embargo, cuando Lorenzo Daza descubrió el romance, se llevó a Fermina de viaje por el país para alejarla de Florentino. Durante el viaje, Fermina se dio cuenta de que su amor por Florentino era una ilusión y rompió con él al regresar a la ciudad.
Fermina conoció entonces a Juvenal Urbino, un joven médico que acababa de volver de Europa tras estudiar la cura del cólera. Juvenal se enamoró de Fermina y le pidió matrimonio con el apoyo de Lorenzo Daza. Fermina aceptó por conveniencia y por respeto, aunque no sentía amor por él. Se casaron y tuvieron dos hijos: Ofelia y Marco Aurelio. Su matrimonio fue largo y lleno de altibajos, pero también de complicidad y afecto.
Florentino, por su parte, nunca olvidó a Fermina y juró esperarla toda la vida. Se dedicó a trabajar en la Compañía Fluvial del Caribe, donde ascendió hasta ser el presidente. También tuvo numerosas aventuras amorosas con mujeres de todo tipo, pero ninguna logró llenar el vacío que le dejó Fermina. Escribió miles de cartas y poemas para ella, pero nunca se los envió.
La novela vuelve al presente, cuando Florentino intenta reconquistar a Fermina tras la muerte de Juvenal. Al principio, ella lo rechaza y lo considera un loco y un irrespetuoso. Sin embargo, poco a poco va cediendo a sus atenciones y empieza a recordar su pasado con nostalgia. Florentino le envía flores, regalos y cartas, y la visita con frecuencia. También la invita a viajar por el río Magdalena en uno de los barcos de la Compañía Fluvial del Caribe.
Fermina acepta finalmente el viaje como una forma de escapar de la soledad y la tristeza que le produce la muerte de su esposo y la ausencia de sus hijos. En el barco, Florentino y Fermina se reencuentran como dos viejos amigos que se cuentan sus vidas y sus secretos. También renace entre ellos el amor que se habían jurado en su juventud. El viaje se convierte en una luna de miel tardía, en la que ambos disfrutan del placer y la felicidad que les había negado el destino.
El viaje termina cuando el barco llega al puerto donde los espera una multitud de periodistas que quieren entrevistarlos por ser los únicos supervivientes de una epidemia de cólera que ha azotado al país. Florentino ordena entonces al capitán que ize la bandera amarilla del cólera y que siga navegando río arriba, sin destino fijo, hasta que la muerte los separe. Así, Florentino y Fermina cumplen su sueño de vivir eternamente su amor en los tiempos del cólera.
