Luego de haber sido nombrado protomédico general del Perú en 1807 por el virrey José Fernando de Abascal y Sousa, Hipolito Unanue le dirige una carta proponiendo la fundación del Colegio de Medicina y Cirugía.
De esta manera, el 4 febrero de 1808, Abascal ordenó que se construyera el colegio en la esquina de la calle San Andrés con la de Sacramentos de Santa Ana (hoy Jr. Huanta, cuadra 8) frente a la plaza de Santa Ana (hoy plaza Italia).
Ahora bien, ese mismo año, se dispuso que los futuros médicos empezaran a llevar sus clases en el hospital San Andrés de forma temporal.