San Martín fue hijo de don Juan de Porres, caballero español, y Ana velásquez, una esclava negra panameña libertada, descendiente de esclavos de abistinia (hoy Etiopia). En 1591, se volvió aprendiz de barbero-cirujano Marcelo Rivero, quien fue maestro en el oficio de sanar a los enfermos.
Solicitó a los padres dominicos servir como donado, el nivel más bajo de servidor asistente; sin embargo, debido a su ascendencia africana, al principio, solo se le aceptó como distribuido de limosna. Fue conocido como el Santo de la Escoba por su humildad y espíritu de sacrificio con los más necesitados.