Tras la ocupación chilena de Lima, una junta de notables reconoció a Francisco García Calderón como presidente provisorio del Perú, estableciendo la sede de su gobierno en Magdalena Vieja (hoy Pueblo Libre), desde marzo de 1881 hasta noviembre del mismo año en que fue deportado a Chile por no ceder territorio al invasor.
A su regreso, en 1886 asumió el rectorado de San Marcos. Por su parte, el aristócrata José Pardo y Barreda también fue rector de San Marcos y presidente del Perú dos veces. Renuncio a su cargo de rector en 1915 para candidatear por un frente de civilistas, liberales y constitucionales.
Seis peruanos ilustres que fueron rectores de San Marcos
– Toribio Rodríguez de Mendoza (1824-1825) Fue uno de los precursores de la independencia del Perú. El sacerdote y educador siempre estuvo a favor del estudio de las ciencias y los principios filosóficos liberales de la ilustración.
– José Gregorio Paz Soldán (1861-1863) El abogado, jurista y diplomático fue presidente del Consejo de Ministros durante el gobierno de Miguel San Román (1862-1863) y canciller entre 1845 y 1847.
– Luis Felipe Villarán (1905-1913) El jurista y político fue senador por Lima (1876-1886) y ministro de Justicia, Culto e Instrucción del Perú durante el gobierno de Andrés Avelino Cáceres (1886) y el de Manuel Candamo Iriarte (1895).
– Javier Prado y Ugarteche (1915-1921) El historiador y abogado fue senador por Lima, canciller (1905-1905) y presidente del Consejo de Ministros del Perú (1910) durante el gobierno de Augusto B. Leguía.
– Federico Villareal (1921) El destacado matemático fue decano de la Facultad de Ciencias de la decana de América antes de asumir temporalmente el rectorado.
– Luis Alberto Sánchez (1946-1948, 1961-1963 y 1966-1969) Fue uno de los líderes más importantes del aprismo, además de escritor, abogado, historiador y político (fue vicepresidente en el primer gobierno de Alan García (1985-1990).